南京站与南京南站是南京市内两个重要的铁路枢纽，它们分别位于城市的北部和南部。南京站更靠近市中心，而南京南站则是中国高速铁路网络的重要节点之一。对于两地之间的通行时间，主要取决于所选择的交通工具。
如果选择乘坐地铁，从南京站到南京南站大约需要40分钟左右的时间。南京地铁1号线连接了这两座车站，沿途经过多个繁华地段，是乘客出行的一个便捷选择。
然而，对于追求速度与效率的旅客来说，乘坐高铁或动车组列车无疑是最佳的选择。在正常情况下，从南京站到南京南站仅需几分钟的时间。这是因为两站之间有专门的线路连接，且距离非常近。实际上，许多从外地到达南京南站的高铁或动车组列车也会在此短暂停靠，以便乘客换乘前往南京站方向的列车。
综上所述，无论是选择地铁还是高铁/动车组列车，从南京站到南京南站都十分方便快捷。具体所需时间会受到实时交通状况的影响，请乘客根据实际情况合理安排行程。